東光寺は「飛鳥時代の古刹」『近江栗太郡誌』とあるが、その根拠は大正１２年（１９２３年）に屋敷跡から７世紀頃の作と見られる布目瓦と青色玻璃片が出土したことによる。

延享３年（１７４６年）の大萱村明細帳に｢往古は天台宗比叡山延暦寺末寺｣と記載ありと記しているがそれ以前の記述は無い。安永７年（１７７８年）の明細帳等によると、｢本尊薬師如来　御長3尺5寸9分伝教大師御作 今年まで９５６年になり｣とあり、天台寺院の存在を物語る記述の他、寛文年中（１６６１～１６７３年)に黄檗禅宗として別山道鉄禅師により、無檀家の村持ち寺院として再興された。この時、天台寺院当時のものと思われる｢瑠璃山東光寺｣と記された三具足が見つかり、それを山号寺号としたとある以外は廃絶の経緯は不明である。

廃寺となっていた東光寺境内に本尊薬師如来安置のための薬師堂が慶長７年（１６０２年）に建立された。宝暦９年（１７５９年）に、九代王大明神の神輿蔵が焼失し明和５年（１７６８年）までの10年間、神輿を預かった。その薬師堂も天保７年（１８３６年）に焼失、その跡地が現古堂お旅所である。

本堂と庫裏は宝永7年(1710)建立、方丈は明和元年（１７６４年）に建立、鐘撞堂は翌年建立整備された。

江戸時代の天明飢饉の天明４年（１７８４年）、達源和尚を最後に、曹洞禅宗の　江州和尚に引き継がれた。以降現在まで、曹洞禅宗寺院となっている。現在の本堂は昭和４１年（１９６６年）に建立された。

門前の寺名碑は、昭和２７年（１９５２年）の大雨で長沢川が増水し、小河川が氾濫して、増井川にかかっていた通称｢だんご橋｣が崩落、後日橋石を転用したものである。